A pesquisa se concentra em doenças naturais e inoculadas. A partir dos resultados, podemos fazer extrapolações que se aplicam a doenças de espécies específicas, incluindo humanos. Pesquisadores e veterinários identificaram um grande número de doenças animais que ocorrem naturalmente e que podem servir como modelos para condições semelhantes ou idênticas em humanos ou outros animais. Estas doenças típicas podem ser numerosas porque os fenómenos patogénicos são semelhantes em todo o reino animal.

Os estudos de doenças inoculadas em animais permitiram o avanço da medicina: como prova, a teoria dos germes e a descoberta da insulina. Foi também graças à medicina comparada que descobrimos que os artrópodes são vectores de doenças infecciosas e que os vírus são a causa do cancro. Assim, a transmissão de uma doença protozoária no gado por carrapatos (febre do Texas) forneceu a primeira evidência de que tal fenômeno existe; agora compreendemos melhor a transmissão da malária ou de outras doenças por mosquitos e outros artrópodes. Primeiro, pesquisas em galinhas demonstraram que os vírus podem causar câncer. Estes resultados foram posteriormente confirmados em outros animais.

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Em 1922, a descoberta de uma micotoxina por Francis SCHOFIELD , do Ontario Veterinary College, foi uma importante contribuição canadense para a medicina comparada. Schofield descobriu que um mofo em um trevo com cheiro úmido produzia uma toxina que causava hemorragia fatal em bovinos. Esta substância tóxica, dicumarol, é um poderoso anticoagulante que agora é usado clinicamente em humanos. Desde então, um grande número de micotoxinas foi descrito. A descoberta do dicumarol serviu de trampolim para a descoberta de outras substâncias com atividade biológica produzidas por fungos, incluindo antibióticos.